ازآنجا که ما در شرايط بحراني و غيرعادي به سر مي برديم و هر لحظه ممکن بود خطري براي ما پيش بيايد، فرداي آن روز نشستم و وصيت نامه خود را نوشتم. تا چند هفته پيش، از اين وصيت نامه خبري نداشتم، ليکن آقاسيدجعفر آن را برايم آوردند و گفتند که پسرشان در لابلاي کاغذهاي قديمي پيدا کرده است. اين اصل وصيت نامه است که در بالاي آن نوشته ام:
«وصيت نامه سيدعلي خامنه اي مرقومه ليله يکشنبه 27شوال 1382» (فروردين 1342 شمسي) يعني فردا شب حادثه مدرسه فيضيه نوشته ام. متن وصيت نامه اين است:

بسم الله الرحمن الرحيم

«عبدالله علي بن جوادالحسيني الخامنه اي غفرالله لهما يشهد ان لااله الاالله وحده لا شريک له و ان محمداً صلي الله عليه و آله عبده و رسوله و خاتم الانبياء و ان ابن عمه علي بن ابيطالب عليه السلام وصيه سيدالاوصياء و ان الاحد عشر من اولاده المعصومين صلوت الله عليهم الحسن و الحسين و علي و محمد و جعفر و موسي و علي و محمدو علي و الحسن و الحجه اوصيائه و خلفائه و امناءالله علي خلقه و ان الموت حق و المعاد حق و الصراط حق و الجنه و النار حق و ان کل ما جاء به النبي صلي الله عليه و آله حق. اللهم هذا ايماني و هو وديعتي عندک اسئلک ان تردها الي و تلقيها اياي يوم حاجتي اليها بفضلک و کرمک.

مهم ترين وصيت من آن است که دوستان و عزيزان و سروران من، کساني که بهترين ساعات زندگي من با آنان و ياد آنان سپري شده است، مرا ببخشند و بحل کنند و اين وظيفه را به عهده بگيرند که مرا از زير بار حقوق الناس رها و آزاد نمايند. ممکن است خود من نتوانم از همه کساني که ذکر سوءشان بر زبانم رفته و يا بدگوئيشان را از کسي شنيده ام، حليت بطلبم. اين کار مهم و ضروري را بايد دوستان و رفقاي من براي من انجام دهند.

دارايي مالي من در کم هيچ است، ولي کفاف قرض هاي مرا مي دهد. تفصيل قروض خود را در صفحه جداگانه يادداشت مي کنم که از فروش کتب مختصر و ناچيز من ادا شود. هر کسي هم که مدعي طلبي از من شود، هر چند اسمش در آن صفحه نباشد، قبول کنند و ادا نمايند،... پنج شش سال نماز هر چه زودتر ادا و مرا از رنج اين دين الهي راحت کنند (البته يقيناً آن قدر مقروض نبودم، ولي احتياط کردم. (مبلغي به عنوان رد مظالم بابت قروض جزئي از ياد رفته به فقرا بدهند.
از همه اعلام و مراجع و طلاب و دوست و آشناها و اقوام و منسوبين من استحلال شود. (چون آن روزها نق و نوق عليه آقايان در جلسات زياد بود که چرا فلاني اقدام نکرده، فلاني چرا اين حرف را زده و اين مطلب را گفته است، لذا خواستم از آقايان اعلام و مراجع حليت طلب کنند.)

و گمان مي کنم بهترين راه اين کار آن است که عين وصيت نامه مرا در مجلسي عمومي که آشنايان من باشند، قرائت کنند. پدر و مادرم که در مرگ من از همه بيشتر عزادار هستند، به مفاد حديث شريف اذا بکيت علي شيء فابک علي الحسين، به ياد مصائب اجدادمان از من فراموش نخواهند کرد ان شاءالله تعالي.

گويا ديگر کاري ندارم. اللهم اجعل الموت اول راحتي و آخر مصيبتي و اغفرلي و ارحمني بمحمد و آله الاطهار.

العبد علي الحسيني الخامنه اي

(حالا صورت قرض هايم را که در صفحه جداگانه اي نوشته ام برايتان مي خوانم):

حدود 100تومان، مقدس زاده بزاز (مشهد)

کمتر از 30تومان، خياط گنگ (مشهد) 2يا 3تومان، عرب خياط(قم)

مطابق دفتر دين، آقا شيخ حسن بقال کوچه حجتيه (قم) چون مرتب با او سر و کار داشتيم و نمي دانستيم چقدر به او بدهکاريم (گويا چند توماني

آقاي شيخ حسن صانعي (قم) 32تومان تقريباً

حاج شيخ اکبر هاشمي رفسنجاني (قم) (بيشترين پولي را که من آن زمان مقروض بودم، به آقاي هاشمي بود. چون وضعش نسبتاً خوب بود، از او قرض مي کرديم.)

مطابق دفتر دين، آقاي مرواريد کتاب فروش (قم)

مطابق دفتر دين، آقاي مصطفوي کتاب فروش (قم)

10 تومان آقاي علي حجتي کرماني

شايد 5تومان، محمد آقانانوا نزديک منزل (مشهد)